PPanGGoLin (Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors) est un logiciel de bioinformatique dédié à l’analyse de pangénomes, c’est-à-dire l’ensemble des gènes présents dans un groupe d’organismes apparentés. Ce projet démarré en 2016 a été développé dans le but d’aider les microbiologistes à comparer massivement les génomes de bactéries, notamment pour étudier l’évolution des génomes, la diversité en gènes et les parties stables et variables entre ces génomes. PPanGGOLiN utilise des graphes pour représenter les relations de colocalisation entre les gènes dans les génomes.